一、核酸內切酶(endonuclease)在核酸水解酶中，為可水解分子鏈內部磷酸二酯鍵生成寡核苷酸的酶，與核酸外切酶相對應。從對底物的特異性來看，可分為DNaseⅠ、DNaseⅡ等分解DNA的酶；RNase、RNaseT1等分解RNA的酶。一般來說，大都不具堿基特異性，但也有諸如脾臟RNase、RNaseT1等或限制性內切酶那種能夠識別并切斷特定的堿基或堿基序列的酶。
 

　　二、原理作用：
 

　　(1)限制性酶切反應速度與底物的性質有很大的關系，底物的單雙鏈結構、分子的構型、DNA鏈中酶識別位點的數(shù)目以及位點附近的序列等都影響著酶的催化反應。共價閉合環(huán)(超螺旋構型)DNA比其相應的線性分子的酶解作用要慢，要使超螺旋構型DNA降解，需要的酶量就大。
 

　　(2)對于DNA-RNA雜合雙鏈的酶切作用，Molloy等用EcoRI等8種酶切時，結果其DNA鏈可被切割，但酶用量比雙鏈DNA大20-50倍。部分限制性酶還可切割單鏈DNA，如HaeⅢ等。
 

　　三、分類：
 

　　(1)Ⅰ型限制酶為復合功能酶，具有限制-修飾兩種功能，但在DNA鏈上沒有固定的切割位點，一般在離切割位點1kb到幾kb的地方隨機切割，不產生特異性片段。
 

　　(2)Ⅲ型酶與Ⅰ型酶基本相似，不同的是Ⅲ型酶有特異性的切割位點，但這兩類酶對DNA酶切分析的意義不大，通常所說的限制性內切酶是指Ⅱ型酶，它能夠識別與切割DNA鏈上的特定的核苷酸順序，產生特異性的DNA片段。